As instituições respondem pela avaliação preliminar de risco e pela categorização dos sistemas (arts. 12 e 13), pelos processos internos de governança e pelas medidas do Anexo III (art. 14) e por mecanismos de auditoria especializada e monitoramento contínuos (art. 9º, §2º).
O Anexo III atribui ao Diretor Técnico a responsabilidade pela fiscalização e pelas diretrizes de segurança, ética e transparência no uso da IA, e prevê acesso de órgãos de controle e entidades externas a relatórios de auditoria, monitoramento e informações de configuração quando solicitado por autoridade competente.
O art. 19, §2º veda que instituições imponham metas ou políticas que subordinem as condutas dos médicos, e o art. 1º, §1º preserva a autonomia de médicos e instituições para ajustar soluções ao contexto local, observados padrões de auditoria, monitoramento e transparência.